稽留流产是自然流产的一种特殊情况，其主要病因包括胚胎因素、母体因素、父亲因素和环境因素。
1、胚胎因素：
主要是染色体异常，这是最常见的原因，也是自然选择的结果。
2、母体因素：
（1）母体患有严重的全身疾病，如慢性高血压、严重消耗性疾病、全身感染、严重肝肾疾病等，均可能导致流产；孕早期母体病毒感染，如TORCH感染虽对孕妇本身的损伤不大，但可感染胎儿导致流产。
（2）生殖器官异常，母体子宫畸形、子宫肌瘤、严重宫腔感染等影响胚胎着床发育，亦可导致胚胎停止发育。
（3）内分泌异常，女性内分泌功能异常、严重甲状腺功能减退、糖尿病血糖控制不良等严重内分泌系统疾病会影响胚胎正常生长发育，严重者导致胚胎死亡。
（4）强烈应激与不良习惯，妊娠期无论严重的躯体刺激还是心理上的不良刺激均可导致流产。过量吸烟、酗酒、喝咖啡、吸食毒品等，也可能导致流产。
（5）免疫功能异常，母体自身免疫功能异常和母胎双方免疫不耐受。
3、父亲因素：
有研究证实精子的染色体异常可导致自然流产，另外，父亲的不良生活习惯以及严重的内外科疾病影响精子质量均有可能导致胚胎停育。
4、环境因素：
过多接触放射线和砷、铅、甲醛、苯、氯丁二烯、氧化乙烯等化学物质，均可能引起流产。
